Seguramente el P. José Guzmán hablo en esa ocasión con el R Luis Cervantes, el hecho es que a los cuantos días lo llevaron al Noviciado; pensaron que estaría mejor en el Hospital Francés, en donde los doctores comprobaron la gravedad del caso.
El 27 de enero de 1965 el P Luis Cervantes escribió a la hermana de Alfonso, la Srita. Guadalupe Pérez, a León, Gto.:

La saludo atentamente... quiero avisarle que hemos tenido a nuestro querido Hermano Alfonso muy delicado de salud. Lo hemos internado en el Sanatorio Francés para que le hagan un reconocimiento muy minucioso, con radiografías y análisis de laboratorio.
El resultado ha sido que tiene una arterioesclerosis muy avanzada, y por lo tanto, circulación muy defectuosa, que le ha ocasionado varias Ilagas en los pies y en las piernas, así como a veces estado de semiconsciencia, por la circulación defectuosa en el cerebro. Ya se esta medicinando, y le pedimos mucho a Dios para que reaccione favorablemente. Sin embargo, su estado actual es bastante delicado, ojala y alguno de ustedes pudiera venir a visitarlo. Esta en el cuarto 43, pabellón No. 4 del Sanatorio Francés.

Durante su estancia en el Sanatorio Francés, los Hermanos Coadjutores de la Congregación residentes en México tomaron espontáneamente la obligación de atenderlo en el hospital, e iban a velarlo día y noche. El Hermano Hermenegildo escribe:

Tuvieron que hacerle curaciones dolorosísimas en sus pies gangrenados, tallándoselos con un duro cepiIlo. Su rostro se contraía por el dolor, y de sus labios solo se escapaba un largo isss! Después comentaba: '¡Que terrible momento!' -'Usted tiene, le aseguro, pies de misionero, de crucificado.' El se sonrió. Yo le insistí: '¿Verdad que si?' Movió entonces la cabeza en señal de asentimiento y respondió en voz muy suave: 'Si...' También le dije: 'Mis pies los quiero así, como los suyos' -'iPues ándele!'...' Me contesto.
Sufría mucho con las atenciones que le prestaban las enfermeras en el cumplimiento de su deber. Una vez, al entrar una de ellas, me dijo graciosamente: '¡Ay, ya llegaron las agruras!...' Siete días antes de su muerte, al recordar los años que llevaba en la Congregación (cerca de 50), exclamo con voz fuerte: '¡Que rápido se ha pasado el tiempo!...' Después, habiéndose quedado dormido, oí que exclamaba aun entre el sueño: 'iBendito sea Dios!'

Fue a visitarlo el Padre Superior. Alguien le dijo: 'Hermano Alfonso, aquí esta el Padre Luis (su Superior), y quiere saludarlo.' Hizo un gran esfuerzo y pidió que el Padre le acercase la mano para besársela, lo hizo con tal fe, caridad y delicadeza, que fue motivo de admiración para todos; en su delicado estado de salud no era imaginable que hiciera tal cosa...

En los últimos días de su enfermedad se sentía muy decaído, le visitaban con frecuencia los Padres y Hermanos. Un día llego el Rvmo. R Superior General (P Jesús Ma. Padilla), y Ie dijo: 'Ofrezca todo eso por los Sacerdotes... por la Congregación...' Y con un gesto de asentimiento e inclinando la cabeza decía que si.

El sábado 6 de febrero, el Hno. Rafael Rodríguez lo fue a velar. Como a las 10:00 p.m. comenzó la última gravedad: el Hno. Rodríguez inmediatamente aviso a San Felipe (donde vivía el Padre General), y trato de avisar al Pedregal (residencia local del Hermano Alfonso), pero no pudo porque el teléfono no funcionaba.
Como a las 10:30 volvió a hablar a San Felipe: inmediatamente salieron el P Alfredo Vizoso y los Hnos. Alberto Cortes y Juventino Rivas. Al llegar al Hospital Francés el Hno. Alfonso expiraba, en brazos del Hno. Rafael Rodríguez; alcanzó la última absolución y los Santos Oleos. Era el 6 de febrero de 1965.
Una profunda alegría se apodero de los tres Hermanos presentes, del P. Vizoso y del Hno. Coadjutor Alfonso Sánchez, que no tardo en Ilegar del Pedregal con el habito del Hermano: 'Este es nuestro modelo', exclamaba entusiasmado uno de los Hermanos; 'que no le quede una arruga en su habito, que las manos estén bien juntas,...' y con gran cariño lo arreglaron de todo a todo!
Avisaron al Noviciado de Tlalpan y allá fue trasladado el cadáver. Al día siguiente el Rvmo. P General Jesús Ma. Padilla, celebro una Misa solemne de Requiem, y en seguida salio el cortejo fúnebre rumbo al Panteón Español, a nuestra cripta.

Al llegar al panteón, los que hicieron todo fueron los Hermanos Coadjutores: ellos llevaron la caja, en el camino los numerosos sacerdotes, estudiantes y coadjutores rezaron el Te Deum y tres veces el Magnificat, pero a la cripta solo entraron los Hermanos Coadjutores y los Superiores Mayores. Alguien desde fuera comenzó a cantar 'Oasis Dichoso', como un himno de triunfo.

Al día siguiente, 7 de febrero, el P. Superior General, Jesús Ma. Padilla, de su puño y letra escribió una carta que repitió varias veces para enviarla a cada una de las residencias. Transcribimos la que envió al templo de San Felipe:

7 Feb. 1965. A los PP. y HH. de San Felipe: acabamos de regresar del panteón... de enterrar al Hermano Alfonso...

Feliz él: porque perseveró... y mas aún porque perseveró en el Espíritu.
Que Dios conceda a cada uno de Uds. estas dos gracias tan grandes... J. Padilla.- M.Sp.S.

El 9 de febrero el P Luis Cervantes escribió a la hermana de Alfonso dándole la noticia:

Desde luego falleció con todos los auxilios cristianos y con una entrega total a la Voluntad de Dios y con una edificante generosidad, ofreciendo sus sufrimientos a Nuestro Señor con grande paciencia, humildad y alegría.
Como le había escrito en mi carta anterior, se nos comenzó a poner más mal, a fines de diciembre, con un ataque de arterioesclerosis y deficiencia cardiaca. Como consecuencia se le abrieron llaguitas en los pies y se presento un principio de gangrena. Se le comenzó a atender inmediatamente; primero lo llevamos a nuestro Noviciado, para que tuviera atención especializada constante, y después lo llevamos al Sanatorio Francés, porque necesitaba diversos análisis y un tratamiento de más fondo. Allí duro quince días, con pequeñas alternativas de mejoría, pero en general en estado grave. Continuamente, de día y de noche, estuvo con el uno de nosotros y con frecuencia muchos más, pues es muy grande el cariño que siempre le hemos tenido y que el se supo granjear con creces. Hasta que la Santísima Virgen lo vino a recoger el sábado, a las 10:30 de la noche. El domingo en la madrugada lo pasamos al Noviciado nuevamente, para que ahí se le velara. El Rvmo. P General le celebró un solemne funeral de cuerpo presente, mientras en la iglesia le celebrábamos 8 Misas, casi todas las del domingo, y principiamos sus Misas Gregorianas. El sepelio fué a las 4:00 de la tarde, en nuestra cripta del Panteón Español, y con grande concurrencia de Padres y Hermanos.