Desde que Alfonso entro a la Congregación tuvo, generalmente, buena salud, y cuando tenía alguna pequeña molestia la disimulaba y habitualmente nada decía sobre ella; sin embargo, sabemos de algunas de sus enfermedades a lo largo de su vida: el 1o de mayo de 1932, estando en Roma, le escribe al Padre Félix: "Hoy hace ocho días que, no se como, al irme a acostar me senté un poco torcido en la silla para desvestirme, y luego sentí un pequeño dolor, pero no me preocupo, pero siguió aumentando al grado de no poder levantarme, sino con mucho trabajo"; continua la carta diciendo a Nuestro Padre como ofrecía estos dolores con todo el corazón a la primera Persona para ser victima y así cumplir su santísima Voluntad. En las siguientes cartas le informa el Hno. Alfonso que ya esta mejor, que había sido algo sin consecuencia. Nos preguntamos: ¿No seria entonces el principio de Ia desviación de su columna vertebral?

Alfonso siguió trabajando como si nada. Vino a México, ayudo en todas las residencias en donde estuvo y tenemos una segunda noticia acerca de su salud en 1947 cuando estaba en el Escolasticado de Coyoacán en Fernández Leal. En esta ocasión tuvieron que internarlo en el Hospital "pues necesitaba una operación desde hacia mucho, y por no dar molestia había dejado pasar tiempo". Fue el Hermano Eduardo García quien proporciono estos datos, pues tuvo que irlo a sustituir en la cocina.
En 1946 o 1947 le comenzó una llaga varicosa que le hacia difícil cumplir con sus cargos, sobre todo ir a comprar la mercancía a la Merced. Desde 1948 empezó a sufrir por la desviación de las vértebras dorsales y lumbares; pero Alfonso seguía trabajando normalmente, hasta que en 1954 los Superiores lo descar¬garon del trabajo de la cocina sustituyéndolo por las Religiosas Oblatas de Jesús Sacerdote. En abril de 1954 to cambiaron a Morelia, donde duro mas de un año; en noviembre de 1955 se recrudeció el mal de su espina dorsal y fue enviado a la residencia de Durango.
En esta nueva residencia el Hermano siguió trabajando en todo lo que podía, y viendo las necesidades del Templo para el esplendor del culto, aun con sus limitaciones, cargaba jarrones, etc. Cuando ya estaba prácticamente inútil por la desviación de la columna y las varices, los Superiores lo trasladaron a la ciudad de México, a la residencia del Pedregal, para que pudiera contar con los auxilios médicos de excelentes doctores.
En los primeros meses de 1959 el doctor Rafael Saenz Arroyo lo tomo bajo su responsabilidad atendiendo cuidadosamente su quebrantada salud durante cerca de 5 años. Escribe:

Sin duda fue muy significativa la actitud de conformidad que tuvo para con dos padecimientos que sufrió, particularmente en las fases de agudización: una artritis reumatoide y una gran hernia diafragmática; durante las épocas de mayor sufrimiento nunca escuche alguna queja ni protesta del Hermano. Sin duda fue una vida ejemplar... Durante algunas fases agudas de su enfermedad parecía acercarse mas a Dios en la oración.

La salud del Hermano fue minándose mas y mas. El P Luis Cervantes lo atendía con paternal solicitud. Tuvo la gran delicadeza de pedir al Santo Padre una bendición especial para el Hermano enfermo; el telegrama dice así: "Augusto Pontífice, invocando celestiales consuelos que conforten en su dolorosa prueba Hermano Alfonso Pérez, otórgale en testimonio benevolencia implorada bendición apostólica. Cardenal Cicognani. 12 Febrero 1965."
Como el mal seguía adelante, deseando que tuviera mayor atención, el P. Luis Cervantes lo llevo al Noviciado a pasar allí una temporada, pero el mal no cedía. Durante este tiempo los novicios quisieron ir a conocer el antiguo Noviciado de La Fama, e invitaron al Hermano a que fuera, a pesar de su delicada salud.

Nos acompañó para enseñarnos y explicarnos la Casa de La Fama, donde fue el Noviciado en tiempo de Nuestro Padre. El novicio que describe esta visita prosigue: Anote que hablaba con toda sencillez y con seguridad de lo que decía. Nos edifico mucho porque estando ya sin poder caminar, no quiso que lo lleváramos en coche. Dijo que todavía podía caminar. A mi me daba Lástima, porque estaba bastante jorobadito. Se iba deteniendo con un bordón, y al pasar en unos escalones no quiso que le ayudáramos y bajo bastante rápido. Apenas levantaba la cabeza para vernos. Note que tenía el Espíritu de sacrificio, de oración y de humildad.
Después de una corta estancia en el Noviciado regreso el Hermano al Pedregal, donde siguió cumpliendo normalmente con sus trabajos en la iglesia, que estaba en construcción: recogía la limosna, arreglaba lo necesario de la sacristía, oía muchas Misas, atendía en el desayuno a los Padres que iban a celebrar, etc.
Un buen día fue el P. José Guzmán a celebrar... mas tarde expreso así sus recuerdos:
Como signo de abnegación y olvido propio, citare lo que me aconteció con el pocos días antes de su muerte. Sabiendo él que yo tenía algunos conocimientos de medicina, me dijo: `Padre, quisiera que Ud. me diera un consejo a ver que hago, porque tengo unas llaguitas en las piernas que me duelen un poco'. Fuimos a su recamara y cuando se levanto un poco el pantalón me quede espantado al ver aquellas Ilagas que eran horribles varices casi gangrenadas; en tales condiciones seguía el heroicamente el reglamento religioso y prestaba sus servicios como sacristán sin quejarse y sin pedir para si mismo consideración alguna.