Los tiempos libres que tenía los empleaba el Hermano en visitar al Santísimo, en dar catecismo a los niños y a las sirvientas; para todos tenía una sonrisa y un signo de alegría.
A fines de 1958 cambio el Superior Local de Durango y ocupo el cargo el R.P. José Quezada. Se dio cuenta de la delicada salud del Hno. Alfonso y creyó necesario que descansara. Por eso lo atendía y cuidaba de la mejor manera posible quitándole trabajo. Sin embargo, Ia enfermedad seguía adelante y tuvo que hospitalizarlo:
El Hno. Alfonso (escribía el R Quezada al Superior General), ahora si ya no puede nada: paso ocho días en el hospital y ha seguido bastante mal del estomago y de una pierna; el pobre hace esfuerzos, pero para el ya es algo imposible... Tendremos nada mas que estar al pendiente de su salud, o si S.R. cree que estará mejor para esa atención en otra parte, como V.R. lo disponga.
Los Superiores creyeron mejor cambiarlo de casa dada su salud, y su empeño en seguir trabajando, aunque le costara: elogiaban la virtud del Hermano, pero también veían la necesidad de que pasara a otra residencia:

En cuanto a lo que me dice V.R. del Hno. Alfonso (escribía el R Quezada al R General), que realmente ya esta bastante mal, le hable tratando de saber si quisiera ir a alguna otra parte en donde pudiera sentirse mejor... Se nos ocurrió que podría ser en León, pues allí van doctores, hay dispensario medico y la casa es bastante cómoda, aunque ya me dirá V.R. acerca de esto que se podría hacer.

Los Superiores Mayores pensaron que mas bien convendría que el Hermano viniera a la ciudad de México, donde hay óptimos médicos; lo destinaron a la Casa de La Santa Cruz del Pedregal que estaba en vías de establecerse, y lo confiaron a la exquisita caridad del R.P Luis Cervantes, M.Sp.S. encargado de dicha fundación.
Transcribimos algunos recuerdos del P Luis Cervantes acerca de Alfonso: "Llego el Hermano al Pedregal, Casa de la que yo era Superior. Llego en plan de descanso y recuperación. Tenía una desviación muy fuerte en la columna; tenía además Ilagas varicosas en las piernas." Explica enseguida los trabajos que, a pesar de su enfermedad, realizaba el Hno. Alfonso: recoger la limosna y ayudar las Misas "Contaba las limosnas del Templo provisional. Era sumamente fiel a su oración. Era humilde, silencioso y alegre. No se quejaba ni hablaba de sus enfermedades; era delicadísimo en la caridad fraterna".
"Asistía a todas las Misas que se celebraban, tanto entre semana como los domingos, en que había unas seis o siete Misas:"
"Lo vi constante y fiel en la oración?"
Además de estos trabajos, el Hno. Alfonso Pérez se preocupo por las sirvientas de las familias que vivían en el Pedregal: "Catequizaba a las sirvientas con gran dedicación, dice el Hno. Hermenegildo Pérez; ellas nunca faltaban a sus explicaciones porque... `era muy bueno' :'
Estos sus trabajos pastorales en el Pedregal, hay que notar que brotaban de su intensa vida espiritual, tanto en la oración como en la recepción de sacramentos.
Yo mismo fui testigo de como iba con mucha frecuencia al Templo de San Felipe para buscar al P Tomas Fallon, su confesor. Una biografía del Hermano (autor anónimo) dice que iba todos los jueves para su confesión semanal," y esto a pesar de su pierna enferma; así continuo todo el tiempo hasta que fue internado en el Hospital Francés.
Las personas de la colonia del Pedregal que iban a la Parroquia, quedaban fuertemente impresionadas del Hno. Alfonso, quien mucho bien espiritual hizo a los que se le acercaron. El Lic. Roberto Ibáñez Mariel da un buen testimonio de el:

Tuve la fortuna de conocerle y tratarle por espacio de dos años. En ese tiempo, (calculo que habrá sido por los años 1962-1963), me admiró siempre sus sencillez, bondad, y fundamentalmente el hecho de que, cuantas veces visitaba yo la Capilla que existía y aun existe anexa a la Iglesia de la Santa Cruz, ubicada en el fraccionamiento jardines del Pedregal de San Ángel, me encontraba al Hermano Alfonso en permanente contemplación y adoración del Santísimo Sacramento. Me admiraba esa sólida piedad que de la manera mas natural era edificante para todos los feligreses que acudíamos a esa capilla.
Junto a ese Espíritu contemplativo y a su sencillez unió el hermano Alfonso un gran sentido del humor, pues cuando lo saludábamos, siempre lo encontrábamos sonriente y dispuesto a escuchar nuestros comentarios en torno a preocupaciones, alegrías o sinsabores. De sus labios siempre salía una frase sobrenatural, dada con mucha naturalidad y de forma que resultaba mas el consejo de un amigo que una admonición.
El Hermano Alfonso nos parecía un santo, al que ya en vida tributábamos gran veneración.

El P Luis Cervantes durante ese tiempo trabajaba por conseguir bienhechores, pero principalmente por el bien espiritual de los futuros feligreses de la Parroquia que aun estaba en construcción; los domingos eran días difíciles para el, pues tenía que buscar sacerdotes que le ayudaran en las Misas para la atención de los feligreses: muchos sacerdotes diocesanos y Misioneros del Espíritu Santo acudíamos a los telefonazos del R Luis que pedía auxilio; yo recuerdo que alguna vez fui a celebrar en el Pedregal y me encontré al Hno. Alfonso, quien con mucha simplicidad y naturalidad me atendía. Transcribiré los testimonios de dos Misioneros del Espíritu Santo que acudían con mayor frecuencia. El P Alcalá:

En los años 1963 y 1964, cuando el estaba ya muy achacoso y enfermo, me tocó con frecuencia ir al Pedregal a decir la Misa de 8:00 p.m. y puedo decir que entonces fue cuando mas me edificaba. Su actitud de oración y de fervor al oír la Santa Misa era de una grande edificación para los fieles, y sobre todo para mi, que siempre estime como una gracia la asistencia del hermano a mi Misa. Me admiraba también la paciencia en sus sufrimientos cuando, todo encorvado, pasaba al refectorio y tomaba sus alimentos. En una ocasión recuerdo con que Santa indiferencia soporto la falta de una medicina que se le había acabado hacia tiempo y todavía no se la habían repuesto.
También me impresiono su sencillez y humildad y su respeto por los sacerdotes. Con grandes trabajos se ponía de pie y quería besarme la mano cuando llegaba a saludarlo, a pesar de que me resistía. De lejos se vela que no solo lo hacia por urbanidad, sino por un verdadero sentimiento de respeto al carácter sacerdotal.

El P Alfredo Güémez:

Yo lo conocí muchos años después. Era un hombre acabado. Los años habían dejado en el su huella, la huella del hacha en el tronco que va a caer. Era alegre. Sus ojos y su sonrisa eran de niño, como su alma. Su cuerpo estaba gastado, se iba consumiendo al servicio de Dios y al servicio de sus hermanos. Era un hombre de Dios. En la Iglesia se le veía en su centro. Los domingos en la Parroquia del Pedregal asistía, muy cercano, en su reclinatorio, encorvado casi, a nueve misas; 'el Hermano ganchito', le decían. Su columna vertebral lo traicionaba, lo inclinaba a tierra mientras su alma se elevaba, se elevaba... hasta perderse.
Así iban pasando las semanas, los meses y los años: Alfonso en oración, podríamos decir que constante, oyendo Misas; trabajando en la sacristía , contando las limosnas, preparando alimentos cuando era necesario. El R José Guzmán, entonces Ecónomo General, y que tiene conocimientos de medicina, fue un domingo a ayudar a las Misas, y el Hno. Alfonso aprovechó la ocasión para pedirle algún remedio para poder soportar los dolores de su pierna llagada. El resultado de esta consulta medica fue que primero fuera atendido en nuestro Noviciado, Morelos 31, Tlalpan, y después, a principios del año 1965, internaran al Hno. Alfonso en el Hospital Francés, donde murió, como veremos después.