El. P Federico Garibay, ya ordenado Sacerdote, estuvo una temporadita en Celaya, el año 1937 y recuerda que los domingos el Hno. Alfonso se levantaba media hora antes que la Comunidad para dar las llamadas a la Misa, prendía el fogón para calentar el desayuno, abría la iglesia, que estaba cerrada, aunque los adoradores nocturnos estuvieran dentro, prendía la luz y preparaba el incensario para cubrir al Santísimo y así terminar la adoración. El P Federico recuerda que el Hermano era como un cronómetro, puntual siempre, y que era verdaderamente "una maravilla de actividad y de buena organización"
Durante este tiempo la Congregación tuvo grandes penas: primero la muerte de la Sra. Concepción Cabrera de Armida, el 3 de marzo de 1937, y después la de Nuestro Padre Félix Rougier el 10 de enero de 1938.
El Hno. Alfonso Pérez había escogido desde su entrada al Noviciado como Director Espiritual a Nuestro Padre Félix. Su muerte le dolió en el alma, sobre todo porque perdía a su Director Espiritual. Las enseñanzas recibidas para su orientación de vida religiosa y su santificación formaron su espiritualidad, no solo durante la vida del P Félix, sino hasta los últimos días de su propia vida.
Poco después de la muerte del P Félix se realizo el 3er Capítulo General de la Congregación, en el que salio electo el Rvmo. P Edmundo Iturbide, quien hizo la fundación del Santuario de Guadalupe del Centro en Irapuato. La fundación de Celaya continuo durante una temporada, y después se suprimió (un año después, el 29 de mayo de 1940) cuando a principios de 1939, se fundo la Casa de Puebla: el Hno. Alfonso fue designado para esa nueva fundación que se realizo el 12 de marzo de 1939 (en el templo de la Concepción pero él fue al Escolasticado). La casa que ocuparon los estudiantes era propiedad de la Sra. Trinidad Hirmanns, quien vivía en la planta baja con sus cuatro hijos, a quienes difícilmente podía gobernar; los ocho estudiantes, cuatro Padres y el Hno. Alfonso, ocupaban la mitad de la parte alta del edificio. Calle 2 Oriente.
El P José Guzmán, quien vivió en esa casa, recuerda el modo de regañar de Dna. Trini a sus cuatro hijos; los estudiantes de Filosofía y Teología se aprendieron muy bien la frase con que invariablemente terminaba los regaños que les daba, que pronunciaba en una sofá emisión de voz, pues de no hacerlo así, sus hijos la interrumpían cuando trataba de respirar y no la dejaban concluir. El final invariable era: "Ya me da vértigo de tanto regañar"... Los estudiantes desde arriba gozaban viendo el espectáculo, y el Hno. Alfonso les decía: "Ya métanse, no esta bien que anden oyendo eso"; pero el Hno. Joaquín Antonio Peñaloza (ahora Monseñor) le contestaba: "Hermano, necesitamos aprender a regañar, para tener practica cuando nos envié a la Escuela Apostólica."
Debido a algunos asuntos que había dejado pendientes, el Hno. tuvo que volver a Celaya, Gto. durante una temporada y regreso definitivamente a Puebla a fines de mayo de 1939; duro solo unos cuan¬tos días en el Escolasticado de Puebla pues el 20 de junio que terminaron los cursos, los Superiores suprimieron esa improvisada Casa de Estudios.
La fundación de Puebla, además de la atención a los estudiantes, tenía también como objetivo la Casa de Ministerio del Templo de la Concepción, con la adoración diurna del Santísimo, atención a Asociaciones, Misas, etc. el Hno. Alfonso paso al Templo de la Concepción ese mismo 20 de junio de 1939.92
Como siempre, Alfonso desempeño a la vez el cargo de sacristán y de cocinero, cargos que cumplía a perfección; también cuidaba de que no estuviera solo el Santísimo durante el día, y muchas veces el personalmente hacia la guardia.
Debido a la inestabilidad y a la escasez del personal, muchas veces tenían que solicitar la ayuda de algunos Padres para que fueran a celebrar la Santa Misa en el Templo de la Concepción: el Hno. José Dolores Morales, que formaba parte del personal de Puebla, recuerda: "Una vez fue a celebrar un Padre que ya estaba muy viejito y arrugado. Después subió a la cocina. (El Hermano Alfonso estaba allí) y le dije: 'Hermano, el P Núñez ya esta muy viejito y muy arrugado.' Contesto: `No, no esta viejito, ni arrugado, lo que pasa es que cuando el era Señor Cura iba de un pueblo a otro a caballo y le pegaba el sol y el frío. Por eso esta así y no esta viejito ni esta arrugado': X93
Los destinos del Hno. Alfonso, desde el principio de su vida religiosa, estuvieron relacionados con las Casas de Formación de los Misioneros del Espíritu Santo. Recién profeso (6 de Mayo de 1920) Nuestro Padre lo dejo en el Noviciado mientras se tramitaba la fundación de la Casa de Morelia, primera <<Casa de Estudios de Teología» para los 3 estudiantes que había. En Morelia permaneció hasta que ese Escolasticado incipiente se termino, por la ordenación Sacerdotal de quienes lo formaban. El 1o de octubre de 1923 paso al Noviciado de Tlalpan, y al comenzar el año 1924 es destinado para la Escuela Apostólica; al año siguiente, desde enero de 1925, tuvo su residencia en el «Escolasticado-Noviciado» de la Casa de La Fama, donde vivía Nuestro Padre. En noviembre de 1926 fue enviado a Roma a la Casa de Estudios, en la que estuvo 8 años. Al regresar estuvo primero un año en el Escolasticado (1934) y después en el Noviciado 6 meses (hasta junio de 1936).
En Puebla asistió y ayud6 a los estudiantes durante el tiempo que estuvo allí el Escolasticado, que fue poco, pues los estudiantes pasaron nuevamente a Tlalpan, y el paso al Templo de la Concepción.
Desde principios de 1944 hasta abril de 1954 paso 10 años dedicado a atender a los estudiantes del Escolasticado de México.
Agotado por el trabajo, en abril de 1954 "para que descansara" es enviado al Templo de Morelia, después a Durango y finalmente a la Santa Cruz del Pedregal, donde terminó su vida.
Veamos ahora que recuerdos se conservan acerca del Hno. Alfonso en la casa de ministerio del Santuario de Guadalupe del Centro de Irapuato, Gto., a donde lo cambiaron sus Superiores el 13 de agosto de 1942.94 El personal lo formaban 3 Padres, 3 Hermanos Coadjutores, entre ellos el Hno. Alfonso, y un postulante.

El R Vicente Méndez hace recuerdos del Hermano:

Siendo yo su Superior en Irapuato, fue sumamente obediente. Fue sacristán piadosísimo y se desvelaba para cambiar velas y sacudir y limpiar el altar de la exposición diaria.
Fue amantísimo de la pobreza. Me lo acusaron las personas que nos lavaban la ropa de que ya no tenía ropa servible. Tuve que pedirle me mostrase en su celda la que usaba: allí vi unos cuantos pares de calcetines, que apenas sumarian 8 pares, pero ni pareaban los colores ni los estilos. Juntaba el rojos con verdes, amarillos con negros, y así en todo. tampoco tenía ropa buena, las 3 6 4 piezas de ropa que tenía eran viejas y desgarradas.
Tuvimos que it a México el y yo y, como el único traje que poseía presentaba un aspecto vetusto, relumbroso, charolado, aunque limpio, trabajo me dio para que aceptara un corte de casimir azul marino, que le compre y le mande arreglar a un buen sastre.
Nos libro de un robo en el Santuario del Centro. No se había sacado el dinero del cepo del Santísimo por falta de tiempo. En la noche de un 15 de septiembre, entre la 1:00 y 2:00 de la mañana, oyó el fuertes martilleos en el Templo, porque dormía en una pieza que nos servia de bodega, cuya puerta daba a la Iglesia. Allí pasaba las noches en una tarima para estar al cuidado del Santísimo. Encendió la luz del Templo; el ladrón, un joven delgado y muy hábil, escapo por la ventana, de donde se había descolgado con una cuerda que dejo atada de los barrotes de fierro de la ventana. Solo había destrozado la tapa del cepo, pero nada había robado.
En el aposento donde dormía Alfonso había ratones que subían y bajaban por el cuerpo del Hermano y nunca se quejo. Igualmente, había mosquitos grandes y molestísimos. Bien sabido es que los zancudos de Irapuato son de fama; pero jamás se quejo de ellos. Le preguntábamos como le iba con ellos y su respuesta era: `Yo les digo: ¿Ya comiste?
Bueno, pues a dormir'.